Сюжет Half-life разворачивается примерно в 2000 году в научно-исследовательском центре под названием «Черная Меза».
Главный герой ученый по имени Гордон Фримен прибывает на работу в лабораторию «Аномальных материалов». Его направляют в тестовую камеру для эксперимента с кристаллом, найденном в параллельном мире Зен. Но эксперимент в самом начале привел к катастрофическим последствиям, на которых строиться сюжет Half-Life.
В итоге произошел каскадный резонанс, открывший портал напрямую в мир Зен. Через него перенеслись существа из параллельного мира и буквально заполнили исследовательский центр.
Во время инцидента к главному герою Гордону Фримену очень сильный интерес проявляет G-Man. Гордон продемонстрировал исключительные навыки по борьбе с пришельцами и с военными, которые прибыли в Черную Мезы для устранения последствий.
Правительство Соединенных Штатов узнает об инциденте в Черной Мезе и направляет туда для устранения последствий элитные спецотряды Морской Пехоты, которые называются «Спецподразделение H.E.C.U.». У солдат был приказ уничтожать пришельцев из мира Зен и всех ученых, чтобы скрыть инцидент. Но военные не смогли взять ситуацию под контроль, и правительство решило уничтожить исследовательский центр. Солдаты получи приказ об отступлении и всеми способами пытаются эвакуироваться из Черной Мезы.
Тем временем правительство отправляет другие спецотряды под названием «Черные оперативники» для того чтобы окончательно разобраться с инцидентом. Эти отряды работают независимо от подразделений морской пехоты и им дан приказ уничтожать пришельцев, ученых и оставшихся морпехов которые не смогли эвакуироваться.
А Фримен, в этот момент, направляется в лабораторию под названием «Лямбда» и там узнает от выживших ученых, что портал между Землей и миром Зен не закрывается из-за того, что какое-то сильное существо в параллельном мире поддерживает портал и не дает ему закрыться.Фримена отправляют в Зен для того, чтобы найти существо поддерживающее портал и уничтожить его. Так же ученые сказали Гордону, что после того как они отправят его в параллельный мир, пути назад не будет и он не сможет вернуться назад.
Как только Гордон Фримен отправился в мир Зен, G-Man снова активировал ядерную боеголовку, которую обезвредил главный герой Opposing Force. После чего Черная Меза была полностью уничтожена.
Гордон Фримен в мир Зен находит Нихиланта - существо поддерживающее портал и подчиняющее себе всю расу из мира Зен, которая телепортировалась в Черную Мезу при каскадном резонансе.
Главный герой побеждает Нихиланта, тем самым закрыв портал, ведущий на Землю, и освобождает расу из мира Зен. G-Man находит Фримена и телепортирует в вагончик на котором он прибыл в самом начале в лабораторию «Аномальных материалов», но вагончик находится не в Черной Мезе, а в стазисе. G-Man предлагает Гордону выбор: Смерть – битва в которой он не сможет победить и погибнет или работу на G-Man’a. Гордон Фримен выбрал второй вариант и после был помещен в стазис, до момента когда он понадобится.
На этом моменте сюжет Half-Life прерывается. Его продолжение ждет нас в следующей игре серии – Half-Life 2.
